亜高山帯の草原に自生する多年草。名前の由来は、グンナイ（郡内）とは山梨県の北都留郡と南都留郡の地域のことで、グンナイで発見されたフウロであることによる。高さは30-60cm。茎や葉柄には開出毛と腺毛がある。葉は下部で互生、上部で対生、葉身は長さ5-12cmの腎形、掌状に5-7深裂、裂片は3浅裂する。6-8月に、茎頂に集散花序をだし、径約3cmの青紫色から紅紫色の5弁花を数個下向きにつける。花びらは反り返り雌しべが突き出る。果実は長さ3-4cmの5個の分果。花色が白いものはシロバナグンナイフウロ、高山帯に分布し、葉裏の脈に毛があるものはタカネグンナイフウロ(f. alpinum)と呼ばれる。